Straffefanger blev deporteret til Christiansø, for at bygge på fæstningen, og i 1826 byggede man fængselet på Frederiksø.
Fængselet har huset den politiske fange Dr. Dampe, som konspirerede mod enevælden. Han var fange på Frederiksø i 15 år.
Opdateret d. 10.4.2002